В сухое ветреное лето 1839 года от большого пожара Николаевск почти весь выгорел. К этому времени в городе насчитывалось до 400 дворов. От пожара уцелело едва 70.
После пожара город начал строиться по плану, который еще 25 февраля 1838 года утвердил сам царь. Принцип этой планировки сохранился до настоящего времени. Прямые широкие улицы, строгие прямоугольники городских кварталов на идеально ровных террасах иргизной долины составляют характерную особенность Пугачева.
Вскоре после открытия Николаевска в городе были построены тюремный замок (на его месте сейчас находится здание суда), здание полиции, казначейства и земского суда (теперь в нем краеведческий музей), а также воинская казарма (место школы — интерната). Эти первые казенные здания строились на выгоне, вдоль будущей Уральской (теперь Топорковской) улицы.
На площади, напротив нынешнего краеведческого музея, был сооружен эшафот. Эта была непременная принадлежность административной власти того времени. Эшафот представлял собой помост, на котором совершали публичные телесные наказания преступников, а также неаккуратных должников.
От некогда первых построенных в Николаевске казенных зданий осталось только одно – здание краеведческого музея.