В июле 1928 года были упразднены уезды. С этого момента начинается история Пугачевского района, в административный состав которого входил и город Пугачев. Это продолжалось до января 1944 года. Тогда указом Верховного Совета РСФСР Пугачев был выделен из состава района и отнесен к категории городов областного подчинения. Первым секретарем горкома партии, то есть главным чиновником управления, был избран В. Уваров. Город и район разделились на самостоятельные структуры.
Прошло время, их снова объединили в 1956 году. В соответствии с постановлением бюро ЦК КПСС по РСФСР и бюро Саратовского обкома партии был упразднен Пугачевский райком КПСС. Управление было подчинено городу. Первым секретарем ГК КПСС была избрана 3. М. Бубнова.
Реорганизация административного строения и управления последовала в 1968 году. Город и район вновь получили самостоятельные статусы со своими структурами управления. После 1991 года Пугачев снова объединили с районом. Была образована администрация — новая единая структура. В 2006 году Пугачев, продолжая оставаться в составе района, в соответствии с законом о местном самоуправлении все же обзавелся собственными структурами управления и получил возможность решать общегородские вопросы. Тем не менее в 2013-м городская власть передала почти все свои полномочия районному управлению, и фактически Пугачев утратил остатки самостоятельности.